水产种质资源保护区是指为保护水产种质资源及其生存环境，在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定并予以特殊保护和管理的水域、滩涂及其毗邻的岛礁、陆域。近年来，针对工程建设等人类活动大量占用、破坏重要水生生物栖息地和传统渔业水域，严重影响渔业可持续发展和国家生态文明建设的严峻形势，我部在组织开展增殖放流、实施休渔禁渔制度等工作的同时，根据《渔业法》等法律法规规定和国务院《中国水生生物资源养护行动纲要》要求，自2007年起积极推进建立水产种质资源保护区，目前共审定公布四批220处国家级水产种质资源保护区。这些保护区可保护上百种国家重点保护渔业资源等物种及其产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等关键栖息场所10多万平方公里，初步构建了覆盖各海区和内陆主要江河湖泊的水产种质资源保护区网络。

    实践证明，划定水产种质资源保护区是协调经济开发与资源环境保护的有效手段，对于减少人类活动的不利影响、缓解渔业资源衰退和水域生态恶化趋势具有重要作用。在积极推进建立保护区同时，我部着力强化保护区的规范管理，研究制订《水产种质资源保护区管理办法》；对于给保护区功能造成损害的工程建设项目，依法参与环境影响评价工作，积极争取并落实生态补偿措施。目前，共组织防城港钢铁基地项目、中俄石油管道漠河大庆段工程项目等14项涉及国家级水产种质资源保护区的建设工程环境影响专题评价项目，争取到近2亿元生态补偿资金纳入项目环保投资，用于开展增殖放流、人工鱼礁建设、水域生态修复等资源养护活动。