球虫免疫效果的判定应根据鸡群免疫后的鸡群状态、粪便状态、颜色、气味等，再加上实验室镜检每克粪便所含卵囊数的多少来判定鸡群免疫是否成功。
一般情况下，球虫免疫后第5～7天开始排出卵囊，第10天左右粪便会有所变化（例如：黑褐色稀便、淡红色软便等），同时在同一鸡舍内选几个点，每个点采5～10团的新鲜粪便混匀，检查、计数克粪便卵囊数。如果每个点查到的卵囊大小不一，且几个点上的卵囊数较均匀，则说明免疫成功，反之免疫可疑。