本发明涉及蝇蛆、蚯蚓养殖的自动控制生物反应器及其固态培养方法，通过对反应器温度、湿度的控制可以有效促进蝇蛆及蚯蚓生长，缩短生长周期。同时在蝇蛆及蚯蚓成熟阶段通过控制光照及温度调节促进动物向收集器移动，从而实现有效分离，降低分离成本。该生物反应器包括反应器底、反应器透光窗、反应器顶部、加料部分、蝇蛆及蚯蚓收集器、强制通风装置、过程自动化控制装置以及热交换器组成。该发明的方法可以实现蝇蛆及蚯蚓的自动化养殖、适用于规模放大，并且该反应器具有结构简单、操作方便、经营成本低、对环境友好的特点。