黄鳝和品种很多，大体上可分为黄、白、青、赤、黑几种，其中生命力最强的是青、黄两种，脊侧和劲部黄色的也为优良。为了确保养殖产量高效益，在发展黄鳝养殖生产上要逐步做到选优去劣，培育和使用优良品种。
(1)苗种的来源。目前鳝鱼的来源主要靠采捕或购买天然幼鳝。春天，气温回升是捕捉鳝种的最好季节，其他季节可利用黄鳝夜间觅食的习性来捕捉。捕苗一方法以鳝笼诱捕和手捉为好。
此外，捞取黄鳝受精卵，进行人工卵化，培育黄鳝苗，也是一个好办法。
（2）苗种的质量。体质健壮，无病无伤的可作为苗种。那些用钩捕受伤的，放养后成活率低，即使不死，生长也相当缓慢。因此，一般不宜选用。在捕捉鳝鱼种苗时，不要用铁丝钩伤鳝鱼。如在市场上购买，则不能买用糖精、火汤喂过的鳝苗。
（3)苗种规格。苗种规格一般以每千克20—40尾为宜。这种规格的苗种整齐，生活力强，放养后成活率高，增重快，产量高。