生态养虾应在改善养殖池塘的底质上下功夫，池塘底质的好坏不仅直接影响对虾的健康生长，更直接关系到养虾的成败。
造成底质变坏的原因主要有：
1、大量的残饵、排泄物、动植物尸体中残余的蛋白质、脂肪、淀粉等为病原微生物的生长繁殖提供营养条件造成病原微生物的大量繁殖。2、大量而频繁的排换水使池塘泥土中矿物质和微量元素流失，造成塘底“沙漠”化，塘底渗漏，保水，保肥的功能减退；3、频繁使用化学药物消毒对有益微生物构成极大的危害，使病原微生物产生抗性，致使虾塘逐步失去生态平衡，塘底的自净功能丧失殆尽，底质日益恶化。
底质和水质有何关联：底质的好坏直接影响水质，水质的好坏是底质的表现形式，通常人们是通过水质的变化再知道底质的变化，改善底质是改善水质的基础。病原通过塘底的有机污染物生长繁殖，再通过水体扩散传播。因此，养水先改底。
改良底质的措施：
1、根据天气、水质状况进行合理投料，控制在投饵后1小时内吃完为宜。
2、前期每15天，中后期每10天施用一次微生物型底质改良剂，少用吸附型底质改良剂：
市场上很多底质改良剂多以沸石粉、木炭等吸附性物质为主，使用后大量吸附水体中的氨氮等有害物质，沉积池底，造成底泥中氨等有害物质迅速升高，进而发生底臭。
定期使用复合型微生物底质改良剂“底改霸王”或“清底王”，能充分利用复合微生物中各菌种的功能优势，发挥其协同作用，将残饵、排泄物、动植物尸体等影响底质变坏的隐患及时分解消除，不仅改善了底质和水质，而且控制了病原微生物及其病害的蔓延扩散。
3、在饲料中长期添加强效促长剂或鱼虾丰等微生物制剂，可利用益生菌代谢的生物酶补充对虾体内的内源酶不足，促进饲料营养的吸收转化，从而降低饵料系数，从源头上解决对虾排泄物对底质和水质的污染，节约养殖成本。
4.延长增氧机的开机时间，通过增氧机的曝气作用改善底部环境。