（1）改良水质，有益菌进入水体后，发挥其氧化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，迅速分解养殖动物的排泄物、残存饲料、动植物残骸等有机物，有效降低了水体氨氮和亚硝酸盐浓度；有机物分解后的盐类，为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，单细胞藻类的光合作用，又补充提高了水体的溶氧，形成了良好的水体生态环境；
（2）防病，养殖水体中施放有益菌，不仅竞争性排斥病原菌，维护水体微生物菌群的生态平衡，避免水生生物遭受致病菌的侵袭而发病，而且产生含有抗菌物质和多种免疫促进因子，活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应，增强抵抗疾病能力和提高存活率。