今年以来，我国最大的大黄鱼网箱养殖基地闽东的不少老养
殖户开始退出海面，坚持下来的不少人也惶惶不安，担心血本无归不敢增加投入，且随时准备改换门庭。大黄鱼养殖面临困境，主要体现在以下五个方面：
一是网箱布局不够合理。在发展海上养殖业的过程中，由于缺乏统一规划和合理布局，大黄鱼养殖网箱发展呈无序、无度、盲目状态。成千上万的大黄鱼养殖网箱连片设置，密集于某一水域，通道少而窄，造成水流不畅，大量污物、淤泥日积月累，致使“海底上升”，低潮时，有些海区的网箱箱底还经常“触底”，海水交换率小，海水水质恶化，死鱼事件不断发生，给养殖户造成严重经济损失。
二是日常管理不够规范。养殖户把大量的残饵残渣，生活污水、垃圾甚至病、死鱼直接丢弃到海区，造成局部水体水质恶化，水体中各种有害物质浓度高，病原体数量多，一些原只在池塘等静水环境中出现的车轮虫病、刺激隐核虫病等寄生虫病，现在却在海区网箱中流行。
三是病害防治体系不健全，缺乏鱼病防治专业的人才，在鱼病诊断中常因误诊而发生大黄鱼医疗死亡事故，或因用药不当而贻误病情，造成不可挽回的损失。
四是苗种质量下降。由于近亲繁殖，大黄鱼鱼种质量退化，除个体趋小，性早熟致死外，抗病力明显下降。同时，过早超剂量使用高效抗菌素，造成大黄鱼网箱养殖期间病害防治十分困难。
五是市场疲软，价格下跌。随着大黄鱼养殖规模的迅速扩张，大黄鱼的鱼苗和成鱼价格逐步下跌，而饲料的价格却节节攀升。
目前，大黄鱼每公斤售价仅３０－３５元，与去年同期相比，下跌了２０元左右，加上许多渔民为养殖大黄鱼倾注了所有资金，甚至不惜借高利贷，成本付出较高，鱼价一降，几近白干。
针对上述情况，有关专家提出，政府部门应及早采取对策，包括加强对海区网箱设置的统一规划，对分布过密的渔排要赶快调整疏散；强化对海区网箱养殖的行政管理力度，组建海区环卫队，配备环保专用船，每日定时巡回收集垃圾与病、死鱼等，集中后分类处理；帮助养殖户改变单一养殖大黄鱼的旧模式，推广以大黄鱼养殖为主，科学、合理地间养、轮养其他鱼、贝、藻类，促进海区生态的良性循环；加快水产养殖病害防治网络建设步伐，对水产专业人员进行病害防治技术培训，组建大黄鱼病害防治专业队伍；加快大黄鱼种质的提纯复状，利用远亲交配以保存大黄鱼优良性状，开展大黄鱼基因工程项目的技术攻关，培育优良品种；扩大大黄鱼养殖的国内市场和海外市场，使大黄鱼的养殖朝着养殖户利润趋低、趋稳，市场价格降到消费者能够接受的良性方向发展等。