2007年《物权法》明确了养殖权的用益物权属性，为养殖权制度建设拨开迷雾，指明了方向。从2007年7月起经过近3年的调研、起草和论证，我部于2010年5月24日颁布《水域滩涂养殖发证登记办法》（农业部令2010年第9号），自2010年7月1日起施行。该办法遵循物权制度要求，明确了养殖水域滩涂范围和养殖权概念；确定了水域滩涂养殖发证登记机构；根据《渔业法》和《农村土地承包法》的有关规定，针对国有和集体水域滩涂分别规定了养殖发证登记的程序、申请材料、登记要求等，并对发证登记后变更、收回、注销和延展的手续做了规定。至此，困绕养殖权制度建设的两大基本问题彻底解决，养殖发证登记工作即将掀开新的一页。
为贯彻实施《水域滩涂养殖发证登记办法》，加快养殖权制度建设，我部印发了《农业部关于稳定渔民养殖使用权，推进水域滩涂养殖发证登记工作的意见》，召开了贯彻实施《水域滩涂养殖发证登记办法》座谈会，牛盾副部长出席会议并作了重要讲话，全面部署了下一步养殖发证登记工作。各省迅速召开贯彻落实会议，采取有效措施，加大工作力度，全面推进水域滩涂养殖发证登记工作。山东、江苏等省首次以省政府办公厅名义下发了关于做好水域滩涂养殖发证登记工作的通知。截至2010年底，全国已登记发证362 ,187本，确权面积477万公顷，发证率63%。根据各省确定的工作目标，2011年登记发证率预计达到95%。