新建的孵化厂在一段时间内孵化效果都不错，但经过一年半载后孵化效果往往下降，究其原因主要是对孵化厂及孵化设备没有进行定期认真地冲洗消毒，胚胎长期在污染严重的环境下发育，导致孵化率和雏鸡质量下降。因此，孵化厂的卫生是重要的孵化条件之一。
1、办公室及工作人员的卫生要求：应对孵化室和出雏室设置隔离带，对外办公和供销部门应设在隔离区之外。运送种蛋和接雏的人员不得进入孵化厂，更不许进入孵化室。孵化厂工作人员进场前必须经过淋浴更衣，每人一个更衣柜并定期消毒。
2、两批出雏间隔期间的消毒：孵化厂极易成为疾病的传播场所，在每批孵化结束后要立即对设备和房间进行冲洗消毒。注意消毒不能代替冲洗，只有彻底冲洗后消毒才有效。
（1） 孵化器及孵化室的清洁消毒步骤：
取出孵化盘及增湿水盘，先用水冲洗，再用新洁尔灭擦洗孵化器内外表面（注意机顶的清洁），用高压水冲洗孵化室地面然后用熏蒸法消毒孵化器，每立方米用福尔马林42毫升、高锰酸钾21克，在温度24℃、湿度75%以上的条件下密闭熏蒸1小时，然后打开机门和进出气孔通风1小时左右以驱除甲醛蒸气。孵化室用福尔马林14毫升、高锰酸钾7克密闭熏蒸1小时，或将两者用量增加1倍熏蒸30分钟。
（2） 出雏器及出雏室的清洁步骤：
取出出雏盘，将死胚蛋（毛蛋）、死弱雏及蛋壳装入塑料袋中，将出雏盘送洗涤室浸泡在消毒液中或送至蛋雏盘清洗机中冲洗消毒；清除出雏室地面、墙壁、天花板上的废物，冲刷出雏器内外表面后，用新洁尔灭水擦洗，然后每立方米用福尔马林42毫升、高锰酸钾21克熏蒸消毒出雏器和出雏盘；用浓度为0.3%的过氧乙酸（每立方米用量为30毫升）喷洒出雏室的地面、墙壁和天花板。
（3） 洗涤室和雏鸡存放室的清洁消毒：
洗涤室是最大的污染源，应特别注意清洗消毒。将废弃物装入塑料袋；冲刷地面、墙壁和天花板；洗涤室每立方米用42毫升福尔马林和21克高锰酸钾熏蒸消毒30分钟。雏鸡存放室经冲洗后用过氧乙酸喷洒消毒或甲醛熏蒸消毒。
3、定期做微生物学检查：要定期对残雏、死雏等进行微生物学检查，以此指导种鸡场的防疫工作。在每批出雏完毕后，从绒毛、残雏、死雏和死胎雏中取样作微生物学检查，以确定致病微生物是否存在及其种类。在冲洗消毒后，还应取空气及其附着物进行微生物学检查，以了解冲洗消毒效果。
4、正确处理废弃物：收集的废弃物装入密封的容器内才可以通过各室，并按"种蛋-雏鸡"的流程不可逆转原则运送，然后及时经洗涤室的"废弃物出口"用卡车送至远离孵化厂的了；垃圾场。孵化厂附近不设垃圾场。孵化废弃物中约含有蛋白质22-32%、钙17-24%和脂肪10-18%，需经高温消毒才能做饲料。最好不要做鸡饲料，以防消毒不彻底导致疾病的传播。