鱼种秋季进箱，由于经过池塘育肥后，体质一般较壮，容易适应网箱环境。同时，大水面沉箱越冬，不仅越冬鱼体体重消耗比池塘少，而且越冬结束春季起箱后，约5℃左右鱼即开始吃食，生长期较春季进箱鱼延长了约一个月，鱼体生长速度快，产量明显提高。沉箱越冬的鱼种比春季进箱的鱼种，生长速度约快30％左右，出箱规格约大35％左右。因此，鱼种秋季进箱越冬是一种好方式。其操作技术如下：
一、进箱时间：一般可在9月下旬至10月上旬，水温15％～18％时为适宜，不得低于10％。
二、鱼种消毒：进箱前的消毒工作可与鱼种运输结合进行。即在运输到达目的地前20分钟-30分钟，将药物溶化后放入运输帆布篓或鱼桶内。药的浓度为漂白粉lOppm或食盐2％-3％，依水翠灵活掌握。一定要准确计算药物施用量。
三、鱼种进箱前7天-10天将完整无破损的双层网箱放入水中，使网箱能附着一层藻类或沉积物质，然后再放鱼种，减少新网箱对鱼体的擦伤。
四、鱼种进箱后喂一段时间药饵，使鱼种在起捕和运输过程中受伤部位得以及时恢复，减少因感染发生鱼病。
五、沉箱越冬前一定要饲喂饵料，直到鱼种不吃为止(水温约5℃一6℃)，保持越冬前体质健壮，不要因过早停食造成鱼体体质衰弱。
六、网箱下沉的时间掌握在水温4℃左右。这时水体上下水温基本一致，上下层次对流结束，鱼下沉时稳定，不会因水层的变动产生不安现象。