秋季3个月，从立秋开始到立冬前一天止。包括立秋、处暑、白露、秋分、寒露、霜降6个节气。《素问·四气调神大论》说:“秋三月，此为容平，天气以急，地气以明。”秋令时分，自然界的阳气渐渐收敛，阴气逐渐增长，气候由热转寒，是由阳盛向阴盛转变的关键时期。
入秋后天气转凉，特别是昼夜温差比较大或受寒流的侵袭，如果没有及时做好防寒工作，鸡群因受寒，降低了呼吸道屏障的防御机能，鸡群易发呼吸道疾病(如感冒)，此时抵抗力降低，很容易诱发或并发其它传染病，如新城疫、传染性支气管炎、传染性鼻炎、大肠杆菌、霍乱等。
初秋时节，环境温度较高，多雨潮湿，饲料原料不易干燥，贮存中易发生霉变。如2003年秋季，全国大部分地区阴雨潮湿，使得收获的玉米不能及时晾晒，玉米中的水分过高，达到20%~30%。造成大部分玉米在贮存过程中感染了黄曲霉菌，发生不同程度的霉变。当畜禽采食被黄曲霉菌污染的玉米及用其配成的饲料(玉米霉变是饲料霉变的主要原因)时引起畜禽发生黄曲霉毒素中毒。
病原微生物是引起动物发病的罪魁祸首，病原微生物与气候环境因素息息相关。在一定的温度、湿度条件下病原微生物大量繁殖，而八九月份正是夏秋更替时节，此时昼夜温差大，且多雨潮湿，给病原微生物的滋生和繁衍提供了环境条件，加之秋季风多对传染病的传播和流行起着重要的介体作用，可将空气中的病原微生物携带和传播到动物身上，致使易感动物发病。
秋季发生的鸡病：
禽流感、鸡新城疫、马立克病(高发)、鸡传染性法氏囊病(多发)、传染性喉气管炎、减蛋综合征、鸡痘、鸡传染性脑脊髓炎、传染性鼻炎、鸡传染性贫血病、病毒性关节炎、鸡白痢、大肠杆菌病、鸡霍乱(多发)、鸡伤寒、鸡副伤寒、葡萄球菌病(多发)、慢性呼吸道病、传染性鼻炎、鸡曲霉菌病、链球菌病、铜绿假单胞茵病、球虫病、组织滴虫病、鸡肉毒梭菌中毒、鸡冠癣、中毒症、营养代谢病。