1 抗球虫专用药物
所有抗球虫专用药物均对球虫疫苗有强大的杀灭或抑制作用，此部分药物包括离子载体类 （如马杜霉素、拉沙洛霉素、海南霉素、赛杜霉素、莫能霉素、那拉菌素、拉沙菌素、盐霉素等）、喹啉类（如癸氧喹酯）、抗硫胺素类（如氨丙啉）、吡啶类（如氯羟吡啶）、酰胺类（如球痢灵）、均苯脲类（如尼卡巴嗪）、均三嗪类（如地克珠利、妥曲珠利）、植物碱类（如常山酮）、双胍类（如氯苯胍）、乙氧酰氨苯甲酯等等抗球虫药。
2 四环素类药物
四环素类药物的抗菌谱广，对多种革兰氏阳性和阴性菌及立克次氏体、支原体、螺旋体、球虫等均有效，其中多个成分还有很好的促生长作用，常作为抗菌促生长剂使用。此类药物包括强力霉素（盐酸多西环素）、金霉素、土霉素以及四环素等。
3 磺胺类药物及增效剂
磺胺类药物及增效剂的抗菌谱广，同时对多种原虫包括球虫感染具有很好的治疗作用，目前临床上治疗鸡球虫病的首选药物多数是磺胺类药物，如磺胺氯吡嗪、磺胺喹噁啉、磺胺二甲基嘧啶等。对球虫疫苗有显著杀灭作用的包括所有磺胺类药物及其增效剂甲氧苄啶（TMP）。
4 有机胂制剂
有机胂制剂由于有很好的抗菌促生长作用，同时也有较强的抗球虫作用而以饲料添加剂形式被应用于畜牧生产之中。此类药物包括洛克沙胂、阿散酸。
5 复方药物制剂
当前，由于养鸡生产过程中细菌感染经常发生，抗菌药物被滥用，抗药性问题突出。为了提高药效，许多兽药厂商在组方用药时加入增效剂，或多种药物联合使用。这类复方制剂往往含有抗球虫活性成分，不适宜用于球虫免疫鸡群，尤其是不能用于抗球虫免疫力建立的早期阶段，亦即免疫接种球虫疫苗后1~2周内。例如，三甲氧苄氨嘧啶 （TMP）、二甲氧苄氨嘧啶 （DVD）属增效剂，与喹诺酮类（如氧氟沙星、蒽诺沙星、环丙沙星、氟哌酸）、氨基糖苷类（如庆大霉素、卡那霉素、硫酸新霉素）、氯霉素类（如氟苯尼考、甲枫霉素）、红霉素类（如红霉素、泰乐菌素、替米考星）等药物有很好的增效作用，所以部分兽药厂家在以上药物制剂中添加增效剂，如果选用上述复方制剂，会严重干扰抗球虫免疫效果。氯霉素类药物与强力霉素联合使用有增强抗支原体感染的作用，部分兽药厂商将其组成复方制剂，经球虫疫苗免疫接种2周内的鸡群亦不能使用此类复方药物。