抗球虫药的种类很多，如聚醚类离子载体抗生素有：莫能菌素、盐霉素、马杜拉霉素等;化学合成抗球虫药如磺胺类、植物碱类等。
在球虫病高发日龄，使用敏感抗球虫药物是预防该病的重要手段之一。当前使用的抗球虫药，多是抑杀球虫发育史的早期阶段，而出现血便症状时，球虫发育基本完成了无性生殖而开始进入有性生殖阶段，此时用药，只能保护未出现明显症状或未感染的鸡，而对出现严重症状的病鸡，很难收到效果。因此到了易感日龄(2周以后)或流行季节，应在饲料或饮水中投药进行预防。
有球虫病史和球虫病常发的地区可根据本地实际情况选择用药。用药时注意用药剂量及治疗疗程，科学合理预防与治疗用药。