接种疫苗仍发病的原因很复杂，常见原因有以下几种：
家禽接种疫苗后引起的不良反应，例如鸡新城疫I系疫苗、鸡传染性支气管炎疫苗、甘保罗病疫苗的接种，可能造成本来不明显的败血性霉浆体病的发生。因此当鸡群中有鸡霉浆体病潜伏，又要进行上述疫苗接种时，应该考虑提前1～2天给免疫接种的鸡连续服用药物，以便减轻或防止潜伏疾病的暴发。
接种时鸡群内已潜伏有强毒病原微生物，只是未表现出明显的临床症状，或接种人员和接种使用工具带入强毒微生物。
不同种类疫苗间的相互干扰作用。一个养鸡场往往不止进行一种疫苗的免疫接种，往往几种疫苗同时使用。例如同时接种鸡新城疫I系疫苗和鸡痘疫苗，由于鸡新城疫I系苗具有很强的干扰作用，可导致鸡痘疫苗的免疫失败，从而有可能发生鸡痘。另外，对最流行的传染病为了保证免疫效果，最好单独接种，以产生坚强的免疫力。
由于疫苗选用不当所致。例如雏鸡大剂量使用新城疫I系疫苗会导致扭头、转圈等神经症状；大剂量使用传染性喉气管炎疫苗会出现流泪、喉头出血等传染性喉气管炎症状。