第一、疫病防控问题，疾病问题成为目前蛋鸡养殖业得最大的阻碍，可以说鸡病的影响，在最近几年是越来越厉害，如何解决这个问题，至少要从三个方面着手，首先是政策层面，国度的防疫系统和防疫观念的改变，比不可少，包括疫情通报、活禽运输、防疫掌握等等。
第二、蛋品质量安全和终端销售问题，目前的鸡蛋绝大部门都以未经处理的鲜蛋在农贸市场进行销售，随着消费者对食品安全问题的重视，鸡蛋的商品化和品牌化必将到来，没有诞生证的鸡蛋不合乎食品安全控制的需要，也很难保障食品安全和品质问题。所以，不管规模大小，未来的鸡蛋作为商品，一定要做到可以追溯的质量治理体制，这一点，小型的规模场很难做到。
第三、产品深加工问题，目前鸡蛋的加工方兴未艾，洁蛋处理，液氮、蛋粉加工等各种鸡蛋的加工名目纷纭上马，鸡蛋的加工看似繁荣，却疏忽我国消费者得消费习惯的问题，如何改变消费者长期以来以鲜蛋为主的消费习惯，可以说是任重而道远。对于中小型的养殖场来说，鸡蛋加工基本和他们不沾边，要走产品加工的路线，传统食品、特点蛋品等开发和加工是一条出路；小型养殖户联合起来，进行结合销售是另外一条前途。目前，养殖协作社在各地风起云涌，但至少从目前看来，配合社要想在蛋品加工方面有所成绩，还不具备条件。
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