当环境中存在畜禽的粪、尿、血、炎性渗出物、体表脱落物，以及饲料残渣、鼠粪、污水或其他污物时，这些有机物中藏匿着大量病原微生物，会消耗或中和消毒剂的有效成分，严重降低消毒剂对病原微生物的作用浓度，使消毒作用减弱。
另一方面，受微生物严重污染的物品和场地，能阻碍消毒剂直接与病原微生物接触，而影响消毒剂效力的发挥。
因此，彻底的清扫是有效消毒的前提，在使用消毒剂之前，应先对需要消毒的环境或物品进行整理、清扫和清洁，清除物品表面的灰尘和覆盖物等有机物，尽量减少影响消毒效果的因素，利于消毒剂充分发挥作用。
各种消毒剂受有机物影响程度也有所不同，氯制剂消毒效果降低幅度大，季铵盐类、过氧化物类等消毒作用降低明显，戊二醛类及碘伏类消毒剂受有机物影响较小。
对于痰液、粪便、畜禽圈舍的消毒应选用受有机物影响较小的消毒剂，同时应适当提高消毒剂的浓度，延长消毒时间，方可达到良好的消毒效果。