第二步是药物处理。方法如下：（1）抗生素，选用氨基糖甙类或喹诺酮类，如庆大霉素、诺氟沙星等药物，原则是不选用常用药物；首次用药剂量加大，以后减量；用药三次无效则停用，以免药物蓄积损伤肝脏功能。（2）高渗葡萄糖，50% 的高渗葡萄糖后海穴注射，造成肠脱水减轻腹泻程度。原则是只使用一次，且剂量要足，一般10 kg 左右的猪就可以注射20ml。（3）补水补盐，对腹泻严重粪便呈水样的病猪应考虑静脉或腹腔补充 5% 的葡萄糖生理盐水，保障肝肾功能。（4）维生素，通过饲料或应税添加，也可给病猪注射复合维生素B，保障病猪的正常代谢功能。（5）其他药物，可选用阿托品和地塞米松，促进痊愈，但剂量不能太大，以免引起副作用。
药物治疗只是减少损伤一种补救手段，关键还是平时做好饲养细节。对确诊的病毒性腹泻，抗生素治疗几乎无效，只有做好相关免疫加以预防。