一、降低饲料蛋白质水平，可有效地缓解断奶仔猪腹泻和降低水肿病的发病率。
单纯降低日粮蛋白质水平可能影响仔猪对蛋白质和氨基酸的需要量而降低生长， 因此，在降低日粮蛋白质饲料时， 必须平衡多种必须氨基酸。
二、饲料酸化。
饲料中添加有机酸， 如柠檬酸、乳酸、甲酸钙、食醋等，能使胃保持一定的酸度，提高胃蛋白酶的活性，还促使高乳酸杆菌等有益微生物的生长，抑制大肠杆菌有害菌的繁殖，能有效地降低发病率和死亡率。
三、适当提高日粮纤维素水平。
日粮纤维素可以促进消化液的分泌， 降低日粮养份，维持养份摄人量与仔猪消化之间的平衡。通过日粮纤维素发酵，降低水份吸收， 增强胃肠蠕动，促进大肠杆菌毒素的排出。因此， 饲喂较高纤维素饲料也是控制水肿和腹泻的有效方法之一。
预防仔猪水肿病应在仔猪断奶时，加强饲养管理，适当减少饲喂量，以后逐渐增加，一至二周增至常量。使用营养全面的乳猪料或仔猪料， 自配饲料尽量品种多样化， 补充微量元素及添加剂，避免饲料过于单一或蛋白质过多，多喂青饲料，及时补铁、补硒。
四、防止突然改变饲料和饲养方法。
改变饲料和饲养方法一定要逐步进行，若因突然改变而发生本病，应暂时恢复原来的饲料和饲养方法，待病情完全恢复后，再逐步改变。必要时，可在饲料中添加抗菌药物如土霉素、磺胺嘧啶钠, 或呋喃酮类。
若同群仔猪已有发病，可给未发病仔猪肌肉注射抗毒水肿灵每公斤体重，一日一次，连用二天。
对已发生水肿病的圈舍，要清除所的粪便，然后冲洗所有圈舍，并用草木灰水溶液和生石灰水溶液进行地面消毒，用消毒液，煤酚皂对周围环境进行消毒，确保未感染仔猪的健康。