可用基因工程疫苗K88、K99在母猪临产前40天、20天各注射1次，以预防仔猪腹泻、黄痢和白痢。同时，猪圈场地消毒要制度化，可每隔7天用百毒杀或3%的来苏儿液消毒1次。对始发期的仔猪腹泻或黄痢、白痢，有以下3种用药方式：
用庆大霉素与痢菌净混合肌注。8公斤~15公斤重的仔猪用庆大霉素8万~16万国际单位，痢菌净3.5毫升，每天2次，连注3天。不见好转的，可适当增大剂量，并加入病毒灵肌注。对仔猪愈后4天~5天又复发的，可改用重泻康或泻立停（均为5毫升）肌注。
在适口的饲料中添加止痢王，10公斤以下的仔猪每头服6克，即每10头仔猪服1包，每天1次；10公斤以上的，每头服12克，即5头服1包，每天1次，连服2天。
每头仔猪用氟哌酸粉0.1克。
对仔猪腹泻用药无效应换药对仔猪腹泻或黄痢、白痢连续治疗4天~5天仍未见明显疗效，可改用如下药物：
1.用5%的葡萄糖液250毫升掺红霉素25万国际单位静脉注射。2.输液5小时后，用病毒灵5毫升、板蓝根注射液10毫升，一次肌肉注射，每天2次，连注3天。也可用鲜板蓝根，每头猪用500克，加水1升煎汁，将其滤液分成4头份，给病仔猪喂服，每次1头份，每天2次，连服2天。3.输液5小时后，还可考虑改用氨苄西林钠(每次用药0.5克~1克)和新高效畜宝康(Ⅱ代，每次2毫升~3毫升)分别肌注，每天2次，连注3天。
对久治不愈的顽固性腹泻或黄痢、白痢的用药
用5%的葡萄糖液掺红霉素25万国际单位静脉滴注。
输液5小时后，再用三七二、3A分别于病猪颈部两侧同时肌注（剂量按说明书用量增加30%），每天2次，连注2天即愈。