① 发酵饲料中的有机酸、葡萄糖、小肽、B族维生素、生物抗生素（嗜酸乳酸菌素、乳酸链球菌素、过氧化氢）、未知免疫因子等，对减少猪只的应激反应起到了极大的作用，而猪病大多数都是由应激引发的，如有机酸和葡萄糖等，可以在应激产生的初期，迅速提供给猪最有效的能量补给，直接进入代谢途径进行供能活动，而不象蛋白质和淀粉等大分子那样，需要慢慢地先通过胃胰和肠蛋白酶、淀粉酶来一步一步地分解，最终得到小分子能量物质，而发酵饲料中的小肽则直接提供抗体合成的基础氨基酸的需要。这些都保证了在应激引发初期的第一时间提供能量和抗体的保证。
② 迅速造成肠道内的厌氧环境，从而抑制有害细菌繁殖生长，并促进消化吸收。
③ 迅速酸化肠道，从本质上抑杀有害细菌，同时维护肠道内的微生态平衡，增加饲料的消化吸收率，增强抵抗疾病的能力。
④ 竞争性地与有害细菌争夺小肠绒毛上的附着点，从而抑制了有害细菌和病原菌的附着点，使小肠微生态中保持有益菌的绝对优势。
⑤ 增强猪只的免疫力，由于有益细菌在诱发动物产生抗体上有着相似的地方，但有益细菌不会使动物发病，又能常激发动物产生抗体，所以，也就锻炼和提高了动物的免疫抗病能力。
⑥ 有益细菌本身在动物肠道中进行新陈代谢时，会产生较多的维生素（K、C、B1、B2、B6、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等）、氨基酸、有机酸、消化酶等，并合成菌体蛋白，这些东西本身是营养物质，能增中动物的生长速度，提高营养供给。
⑦ 发酵中会产生少量酒精，也有促进新陈代谢的作用，并促进生长，增强抗病力。
⑧ 防止有害物质的产生
由于上述说的微生物制剂可以提高饲料的消化吸收率，所以也就减少了消化道中氨味的产生，和防止的其他腐败物质的产生，研究表明：喂了微生物制剂后可以减少肠道内容物、粪便、门静脉中的氨含量及肠内容中的对甲酚、吲哚、3-甲基吲哚等腐败物质的含量，同时缓解粪便臭味、净化畜禽舍环境，另外，直接喂微生物有益菌，可以在肠道内生长形成致密的膜菌群，形成生物菌屏障，阻止有害物质和废物的吸收。
⑨ 补充内源酶（主要是指消化酶类如淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶等）的不足，和激活内源酶的分泌。补充内源酶适用于幼小动物，如乳猪仔猪等。
⑩ 水解非淀粉多糖（NSP）等抗营养因子，降低消化道内容物粘度
破坏植物细胞壁，使包裹在细胞中的营养物质充分地释放出来，从而增加与消化酶的接触面，提高消化吸收率。
畜禽以植物性饲料为主（占到动物饲料量的95%以上），植物饲料则都有细胞壁，植物细胞壁的结构复杂，主要由NSP（主要是纤维素，果胶，半纤维素）组成，包埋在细胞壁内的许多可消化的营养物质（如蛋白质、淀粉等）由于不能与消化酶接触，得不到消化利用，从而降低其效果。在日粮中添加非淀粉多糖酶（如纤维素酶、果胶酶等）可以破坏植物细胞壁结构，使细胞内溶物裸露出来与动物内源酶接触消化，提高饲料的消化及吸收率。