很多用户经常问我，到底是好氧发酵好，还是厌氧发酵好，首先需要强调一点，活力99生酵剂是兼性微生物产品，也就是既适用于好氧发酵（如发酵床技术），也适用于厌氧发酵（如发酵糟渣），实际上市场上所有的菌剂都是兼性发酵菌，但产品各有偏重，活力99生酵剂则无论好氧还是厌氧，表现都很好。
究竟是哪种发酵方式好，实际上是看您用来做什么，发酵各种糟渣可以用好氧，也可以用厌氧，但用于养殖业绝对是厌氧发酵好，上世纪80～90年代大量的固态发酵糟渣饲料厂采用好氧发酵，大量倒闭，到现在基本不存在类似厂家，就是明证；发酵床则只能选择好氧发酵的方式，不可能厌氧；而生产高附加值产品发抗素素、单项维生素、单项酶制剂……等，则采用好氧发酵法，但也不是固态发酵，而是液态深层好氧发酵法（即通风搅拌液体发酵罐法），只适用于工业化生产。
⑴ 好氧发酵的优点与缺点：
好氧发酵的优点：
① 发酵速度快，可以充分利用物料中的无机氮源，如尿素、硫酸铵等来合成菌体蛋白，有利于提高真蛋白质的含量，但提高量不大，一般可以提高5%左右。
前苏联就有很多利用纸浆废水、淀粉废水、甚至石油等，再加入无机氮如尿素等来液体深层搅拌发酵生产酵母蛋白质。
② 可以更好的产生生物活性物质，如维生素、酶、未知生长因子，并促进了物料的分解利用。
③ 微生物繁殖速度也更快，生成的益生菌数量更多。
④ 好氧发酵可以生产高附加值的产品，如液体深层搅拌发酵生产液体酶制剂、生产抗生素、高价值益生菌、单项维生素………
好氧发酵的缺点非常多，也是致命缺点：
① 设备投资巨大，如果采用浅层发酵法，依靠空气对流来导入空气，则占地面积大，只能辅成5公分左右进行发酵。
② 技术要求高，一般人无法掌握。
③ 接种量要求大，因为与空气充分接触，杂菌污染机会多，所以，要求接种量大。
④ 易污染杂菌，成功率不高，常常有氨气产生。
⑤ 最大的缺点是，经过好氧发酵后，物料中的能量基本上被微生物消耗得一光二净，好氧发酵通过氧化磷酸化途径获得能量，只要一直有氧气参与发酵，则可以把可利用的能量（如消化能，代谢能）全部消耗掉，能量载体如碳水化合物全部氧化成二氧化碳挥发掉了，尽管好氧发酵可以提高蛋白质5%左右，但付出的代价是全部的可利用能量被消耗掉了，而在养殖业中，消化能或代谢能是一个最重要的参数之一，这个代价实在太高。
⑥ 物料损耗大，不能起到保存作用，如100斤的物料发酵一天后，可能只剩下80斤了，如果发酵的物料可利用能量大，发酵时间充足（持续发酵下去），则损耗更大，基本上可以把可利用能量的载体全部消耗掉，如发酵床中可以把粪便中全部可利用的能量部分消耗掉，即分解粪便。
⑦虽然发酵可提高5%以内的菌体蛋白，但好氧发酵的细胞壁很厚，因而很难利用微生物菌体蛋白质，或者说其菌体蛋白消化吸收率不高。
所以，鉴于好氧发酵的缺点对发酵糟渣来说，在养殖业上利用价值不大，所以，现在好氧发酵主要还是用于液体深层发酵生产高附加值的产品（如前所述）。
⑵ 厌氧发酵的优点与缺点；
厌氧发酵的优点：
① 操作简单，容易掌握，只要掌握了不让空气进入的原则，则基本不会失败，这是厌氧发酵应用最为广泛的主要原因。
② 占地面积小，可以深层发酵，如每平方米可以发酵一吨以上，而好氧浅层发酵只能发酵20公斤物料。
③ 营养保存完好，物料在发酵中的损耗不会超过5%，可利用能量多数情况下甚至在发酵中会上升，这是好氧发酵无法比拟的优势。
④ 发酵产生有机酸如乳酸等，以及各种乳酸菌素（生物抗菌素），未知免疫因子和生长因子。
⑤ 发酵后，只要密封好，可以永久保存，这一点是好氧发酵做不到的。
⑥ 厌氧发酵产生的菌体细胞壁薄，容易自溶，菌体营养更容易释放，营养价值好一些。
厌氧发酵的缺点：
① 细菌繁殖数量不如好氧发酵，产生的维生素等生物活性物质也不如好氧发酵法，但事情都有两面性，好氧发酵虽然产生大量的微生物细胞数，但是形成的菌体的细胞壁也非常厚，比厌氧发酵产生的菌体细胞壁更厚，（或者说更老），而产生维生素方面的缺点，现在也可以通过添加外源维生素来弥补，包括可以添加专业公司生产的酶制剂。
② 厌氧发酵对物料的分解力度不够，但这一缺点，完全可以采用添加外源复合酶制剂的方法来解决，事实上，活力99和粗饲料降解剂中，就添加有高活性的酶和辅助酶，加上激活剂，对物料的分解效果反而远远好于好氧发酵了。如分解粗纤维，好氧发酵则在短时间内还无法做到分解粗纤维。
⑶ 结论就是在养殖业中厌氧发酵的应用是最广泛的，效果远远好于好氧发酵
尽管好氧发酵产生了大量的维生素B族，和大量的生物酶，大大提高了生物效价，但却并不是饲养动物所必需的，也就是说，消耗糟渣中大量的能量为代价，产生的一些看似有价值的东西，却并不是饲养动物所需，因为动物所需要的维生素和外源酶并不是这些，动物饲养所需要的维生素主要是维生素A、D、E、K和B12等，而这些发酵中产生极少，动物饲养所需要的酶制剂中主要是葡聚糖酶、木聚糖酶、纤维素酶、果胶酶、戊聚糖酶等非消化酶类，而发酵中产生的这类酶几乎极少或是微量的，所产生的几乎都是淀粉酶和蛋白酶等消化酶类，而消化酶类动物自己完全可以自我解决，自已消化道和胃分泌的胃蛋白酶、胰蛋白酶、和唾液中产生的淀粉酶等都已经足够了（当然幼小动物除外）。即使是幼小动物需要补充蛋白酶和淀粉酶等消化性酶，市场上也有相当便宜的现成的，非常专业的公司生产的这类酶可以直接添加到饲料中，以满足幼小动物的需要。