在大多数情况下,抗菌素与活力99生酵剂和粗饲料降解剂中的益生菌有协同作用,没有抑制作用,少数情况下如治病的时候,用治疗级的大量的抗菌素时,有影响,但也只是单方面的单向影响,即抗菌素对活力99生酵剂中的益生菌的影响,反过来则益生菌对抗菌素的影响极小。
这是因为虽然理论上看，抗菌素对细菌有抑制作用，但毕竟抗菌素的设计，研究，生产都是针对有害细菌的，有些抗菌素简直就是为了某些病菌量身定做的，有害细菌与益生菌在结构上有很多不同，很多抗菌素是针对细菌的细胞壁和鞭毛等来设计附着性抑杀的抗菌素分子的，而在细胞壁等结构方面，有益菌与有害菌区别较大，所以，大多情况下，抗菌素只对有害细菌有强烈的抑杀作用，而对有益细菌的抑制性较少（不能说完全没有抑制，只是较小）。
那为什么说，全价饲料中的抗菌素与活力99生酵剂中的益生菌反而有协同的作用的，不是说多多少少有点抑制吗？一是如上所述，抗菌素主要还是针对有害细菌的，对有害菌的杀灭作用更大得多，二是因为全价饲料中的抗菌素是预防级量的，对益生菌的作用极小，三是因为有害细菌被抑杀后，在动物的肠道中，可以迅速让有益细菌占据优势地位，也就是说，原来可能有害细菌占优势，加了抗菌素后，有害细菌被抑制度了，这让有益细菌有填补的机会，从而迅速占据肠道中的附着点。这就是预防级别的抗菌素与有益细菌的协同作用。
这也就是为什么说，在养鱼中施用光合细菌时，如果先用消毒剂对池塘消毒处理后，再施用光合细菌，效果是最好的原理。道理是一样的。