发酵床养猪的驱虫方式跟传统养猪的驱虫方式有些类似，选好药物，选好时间驱虫就可以了。一般来讲，驱虫期通常为6天，要在固定地点饲喂圈养，以便对场地进行清理和消毒，驱除完猪只体内外的寄生虫后再把猪赶到发酵床上饲养。驱虫的方法可分为场外驱虫和场内驱虫两种。
场外驱虫：驱除体外寄生虫，建议用伊维菌素拌料连喂5～7天，并用三氯杀螨醇稀释液喷洒体表及圈栏。对于消化道内的寄生虫，母猪公猪应每隔3个月驱虫一次，公母猪驱虫时要同时进行;引进的后备母猪并群前10天驱虫一次;仔猪与育肥猪的驱虫，可定于60日龄(30公斤)左右驱虫一次即可，这样能同时驱除多种虫类。因为一般情况下，再饲养100天即可以出栏了，如果饲养周期比较长的养殖户，则可以适当延后进行驱虫。注意也要集体驱虫处理，最好与母猪公猪驱虫同时进行。猪驱虫后要及时清除粪便，做无害化处理。猪舍地面、墙壁和饲槽要用5%的石灰水消毒，避免排出的虫体和虫卵又被猪食入后再感染。
场内驱虫：场外驱虫完毕后就可把猪赶到“干撒式”发酵床上了。在以后的饲养过程中，我们还要定期对发酵床上饲养的猪进行驱虫。由于金宝贝发酵菌种活性强大，所以驱虫药物并不会影响发酵床的发酵。即使发酵床上的猪再次感染了肠道寄生虫，那么再次驱虫后会使虫卵随着猪的粪便排到垫料上。由于垫料发酵过程中产生热量，热量本身会杀死虫卵，而虫卵本身是蛋白质，发酵床里的微生物会把虫卵作为营养物质分解利用。所以说，只要把猪排出的粪便及时填埋到垫料的中层，就没有问题。发酵床养猪的寄生虫药物性预防驱除工作应当有规律地定期进行，使猪肠道内的寄生虫无法发育成熟，它也就无法排出虫卵。