肥城市人民政府根据《中华人民共和国环境保护法》、国家环保总局《畜禽养殖污染防治管理办法》、省政府《山东省畜禽养殖管理办法》等法律法规的规定，对全市畜禽养殖业污染从2013年7月到2014年底集中统一整治。并制定出台了肥政办字【2013】21号《肥城市畜禽养殖业污染整治工作实施方案》。
方案中进一步明确了整治目标、整治原则、整治范围、整治标准。成立了由分工副市长任组长，环保、畜牧、公安、督查、水资源等部门及各街镇区主要负责人任成员的畜禽养殖业污染整治工作领导小组市政府与各镇街区签订畜禽养殖污染整治目标责任书。明确了部门职责。畜牧兽医局要优化区域布局，搞好发展规划，指导规模养殖场户应用先进的粪便清除和处理方式。环保局要依据《畜禽养殖污染防治管理办法》等法律法规，对污染整治进行技术指导和服务，对逾期未完成整治任务的业户，从重处罚。市督查局定期组织好督查，确保整治进度。公安部门对在养殖污染整治工作中出现的治安、经济纠纷案件要严肃处置。水资源办公室严格做好水资源的规划和保护，在水资源保护地内未搬迁的养殖场取消用水许可。畜牧兽医局、环保局、水资源办公室要严格把关，依法划定禁止养殖区和控制养殖区，不能通过环评、水资源论证的养殖项目坚决不予批复。制定了激励政策和奖惩。把养殖场污染治理作为申报上级财政扶持项目的必要条件，优先扶持建设粪污处理和规范配套无害化处理设施。按照养殖场的不同规模和品种缴纳畜禽养殖业污染保证金，市财政按1:1的比例配套，作为全市畜禽养殖污染整治奖励基金。将畜禽养殖业污染整治纳入镇街区政府美丽乡村建设考核，每个验收不合格的养殖场在年度科学发展观环境与资源保护考核总分中扣10分，畜牧示范园区项考核一票否决。市督查局、环保局、畜牧兽医局年底组成考核工作领导小组对各镇街区年度养殖业污染整治情况逐场考核验收，按完成合格比例的高低进行计分排名并同比发放奖金。把畜禽养殖污染整治列入市重点督查工作，每月督查局、环保局、畜牧兽医局协同美丽乡村督查组开展一次联合督导。对工作力度小、进度慢、措施落实不到位的街镇予以通报批评。