碳氮比对微生物的生长代谢起着重要的作用。

碳氮比低，则微生物分解速度快，温度上升迅速，堆肥周期短；碳氮比过高则微生物分解速度缓慢，温度上升慢，堆肥周期长。

不同碳氮比对粪堆肥氨气挥发和腐熟度的影响：低碳氮比的氨气挥发明显大于高碳氮比处理，说明碳氮比越低，其氮素损失越大；低碳氮比堆肥盐分过高，会抑制种子发芽率，而高碳氮比会导致堆肥肥料养分含量不达标。相比之下，碳氮比为24.0和32.4的处理较有利于减小氮素的损失和促进堆肥的腐熟。因此，综合考虑各方面因素，堆肥的碳氮比控制在25～30为宜。

在粪便堆肥过程中，碳源被消耗，转化为CO2和腐殖质物质，氮则主要以氨气的形态散失，或者转化为硝酸盐和亚硝酸盐，或为微生物生长代谢所吸收。因此，碳和氮的变化是反映堆肥发酵过程变化的重要特征，总碳含量和总氮含量均呈下降趋势，且总碳含量下降速度大于总氮含量。而碳氮比，则是用来判断堆肥反应是否达到腐熟的重要指标，C/N变化为总体上呈现出缓慢下降趋势。

一般禾本科作物的茎秆如水稻秆、玉米秆和杂草的碳氮比都很高，可以达到60～100：1，豆科作物的茎秆的碳氮比都较小，如一般豆科绿肥的碳氮比为15～20：1。碳氮比大的有机物分解矿化较困难或速度很慢。原因是当微生物分解有机物时，同化5份碳时约需要同化1份氮来构成它自身细胞体，因为微生物自身的碳氮比大约是5：1。而在同化(吸收利用)1份碳时需要消耗4份有机碳来取得能量，所以微生物吸收利用1份氮时需要消耗利用25份有机碳。也就是说，微生物对有机质的政党分解的碳氮比的25：1。如果碳氮比过大，微生物的分解作用就慢，而且要消耗土壤中的有效态氮素。

所以在施用碳氮比大的有机肥(如稻草等)或用碳氮比大的材料作堆沤肥时，都应该补充含氮多的肥料以调节碳氮比.