生物肥料简称“菌肥”，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。它利用微生物的生命活动及代谢产物，改善作物养分供应，为农作物提供营养元素、生长物质，达到调控生长、增强抗逆性，达到提高产量、改善品质、减少化肥使用、提高土壤肥力的目的。通过菌肥中微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收;分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等。在蔬菜上应用，能预防蔬菜死棵，减轻病害，改良土壤、解除盐害等特殊作用，而深受菜农欢迎。
1微生物肥料的种类
(1)微生物菌剂。指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或问接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用;应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
(2)复合微生物肥料。指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的最明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥50亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。
(3)生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌“解”的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。