利用一些生物及其产生的物质来杀灭或清除病原微生物的方法、降低使用环境的PH值。例如：传统的污水净化可通过缺氧条件下厌氧微生物的生长来阻碍需氧微生物的存活；粪便、垃圾的发酵堆肥，可利用嗜热细菌繁殖时产生的热杀灭病原微生物；一般的病原微生物都是喜欢微碱性环境，而运用生物消毒能够使环境降低PH值，变成有害微生物不适宜环境，从而达到生物消毒的目的。

自然界中一些生物能够对某些有害微生物起到抑制或者杀灭作用，而又不对环境产生任何持续性的破坏作用。

生物消毒法主要用于水、土壤和生物体表面消毒生物处理。

目前，可用作消毒的生物有以下几种：

1．抗菌生物植物为了保护自身免受外界的侵袭，特别是微生物的侵袭，产生了抗菌物质。并且随着植物的进化，这些抗菌物质就愈来愈局限在植物的个别器官或器官的个别部位。能抵制或杀灭微生物的植物叫抗菌植物药。目前实验已证实具有抗菌作用的植物有130多种，抗真菌的有50多种，抗病毒的有20多种。有的既有抗菌作用，又有抗真菌和抗病毒作用。中草药消毒剂大多是采用多种中草药提取物，主要用于空气消毒、皮肤黏膜消毒等。 

2．细菌当前用于消毒的细菌主要是噬菌蛭弧菌。它可裂解多种细菌，如霍乱弧菌、大肠杆菌沙门氏菌等，用于水的消毒处理。此外，梭状芽孢菌、类杆菌属中某些细菌，可用于污水、污泥的净化处理。

3．噬菌体和质粒一些广谱噬菌体，可裂解多种细菌，但一种噬菌体只能感染一个种属的细菌，对大多数细菌不具有专业性吸附能力，这使噬菌体在消毒方面的应用受到很大限制。细菌质粒中有一类能产生细菌素，细菌素是一类具有杀菌作用的蛋白质，大多为单纯蛋白，有些含有蛋白质和碳水化合物，对微生物有杀灭作用。

4．微生物代谢等产物一些真菌和细菌的代谢产物如毒素，具有抗菌或抗病毒作用，亦可用作消毒或防腐。

5．生物酶生物酶来源于动植物组织提取物或其分泌物、微生物体自溶物及其代谢产物中的酶活性物质。生物酶在消毒中的应用研究源于20世纪70年代，我国在这方面的研究走在世界前列。20世纪80年代起，复旦大学生命科学院就研制出用溶葡萄菌酶来消毒杀菌技术。90年代，中国高科集团上海高科生物公司从复旦大学独家受让这一技术，并经过10应用开发，先后解决了酶的稳定性、提高纯度和降低成本等工艺难题，开拓了生物酶用于日常消毒领域的广阔前景。这种用复合酶来消毒杀菌的生物消毒技术，已在上海实现了产为化。近年来，对酶的杀菌应用取得了突破，可用于杀菌的酶主要有：细菌胞壁溶解酶、酵母胞壁溶解酶、霉菌胞壁溶解酶、溶葡萄菌酶等，可用来消毒污染物品。此外，出现了溶菌酶、化学修饰溶菌酶及人工合成肽抗菌剂。 

总体而言，绿色环保的生物消毒技术在水处理领域的应用前景广阔，研究表明生物消毒技术可以在很多领域发挥作用，如用于饮用水消毒、污水消毒、海水消毒和用于控制微生物污染的工业循环水及中水回用等领域。

生物消毒技术虽然目前还没有广泛应用，但是作为一种符合人类社会可持续发展理念的绿色环保型的水处理消毒技术，它具有成本相对低廉、理论相对成熟、研究方法相对简单的优势，故应用前景广阔。

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